杭州江南专修学院，下设院党政办公室、教务处、学工处、财务处、后勤处、保卫处、团委。

为了更好地加强学院专业建设、逐步完善学院院系两级管理构架，鉴于学院发展需要，经学院董事会研究，决定杭州江南专修学院下设三个分院和四个教学管理部，做为学院的二级教学管理机构。

三个分院为：

1、电商与高端应用学院

2、新媒体艺术学院

3、铁道与航空管理学院

四个教学管理部为：

1、中专部

2、基础部

3、护理部

4、继续教育部

杭州江南专修学院董事会